생물 정보학은 생명 공학과 정보 기술을 활용하여 생명체가 지닌 막대한 양의 정보를 수집하고 이를 분석하여 유용한 정보를 얻어내고자 하는 연구 분야이다. 많은 실험 연구자들에 의하여 단백질을 구성하는 아미노산 서열 정보와 구조 정보들이 데이터베이스에 저장된다. 핵자기공명법(NMR)과 X선결정결정법 등의 실험에 의한 단백질 3차원 구조 결정 방법은 결과의 정확성에 비하여 많은 시간과 비용이 요구된다. 그러므로 단백질 1차 구조 정보(아미노산 서열)만을 이용하여 단백질 3차원 구조를 예측하는 연구가 활발하게 진행 중이다. 구조 예측 방법들은 단백질을 구성하는 아미노산 서열이 이미 구조가 실험으로 결정된 단백질들의 아미노산 서열과의 유사성 정도에 따라 비교 모델링 방법 (comparative modeling), 구조 인식 방법(fold recognition), 새 구조 방법(new fold) 세 가지로 분류된다. 이 글을 통하여 단백질 구조 예측 방법들과 모델링된 단백질 3차원 구조를 이용하여 그 기능을 분석하는 방법에 대하여 소개하고자 한다.