| 초록 |
본 연구에서는 DNA chip의 설계 과정에 필요한 반응 조건의 최적화를 수행하였다. DNA chip에 붙어 있는 probe의 Gibbs Free Energy와 반응조건의 선택은 DNA chip의 설계과정에서 중요한 단계이다. 각 probe와 결합해 있는 target DNA는 서로 결합해 있는 염기의 종류에 따라 결합도가 다르고, hybridization이 안정한 상태를 유지하는 melting Temperature가 달라지게 된다. 따라서 melting temperature는 모든 probe에 대하여 일정한 범위를 유지해야 하며, 최소 Gibbs Energy를 가지는 probe들의 농도 조절을 통하여 반응조건을 찾아주어야 한다. 본 논문에서는 plaque virus에서 추출한 70bp의 유전자로서 40℃ 반응온도조건하에서 최소 Gibbs Energy를 가지는 probe를 선택하고 각 probe의 농도를 최적화하여 melting temperature 범위 내에서 반응이 일어날 수 있도록 하였다. 설계알고리즘에 따라 계산된 60개의 probe 중에서, 결과 값의 신뢰도를 높이기 위하여 세가지 종류의 probe를 선택하고 최적화를 수행하였다. 즉, 각 probe의 최적 농도는 0.559´10-6mol/L, 0.500´10-6mol/L, 0.546´10-6mol/L이고, 이러한 최적 농도에 따른 최적 melting temperature는 각각 318.1385K, 318.1437K, 318.1452K로 구해졌다. 본 연구에서 수행한 최적화는 계산을 통해서 최적 반응 조건을 찾을 수 있으므로 실험상의 시행착오를 줄일 수 있으므로 시간과 비용을 절약할 수 있다. |
